D’azzurro, alla punta abbassata, di verde, accompagnata in capo da altra punta abbassata, dello stesso, rovesciata, caricata dal narciso stilizzato, di sei petali, di bianco, bottonato d’oro.
Il paese, il più suggestivo e interessante del Triangolo Lariano, insieme ai Comuni di Rezzago e di Sormano, era conosciuto con il nome di Santa Valeria, a cui era intitolata la chiesetta romanica, situata proprio a Caglio. Lo stemma, concesso il 18 marzo 1985, di colore verde e azzurro, caricato da elementi araldici alquanto originali, ricorda la posizione elevata sul versante orientale del monte Palanzone ma anche tutto l’arco prealpino a ridosso del paese, conosciuto con il poetico nome di Monti di Sera, mirabilmente rievocato nei dipinti del famoso pittore Giovanni Segantini. Le due punte che non si toccano sono il rimaneggiamento di un primo bozzetto nel quale, agli angoli dello scudo, si volevano inserire elementi caratteristici delle quattro contrade di cui è composto Caglio: Funcai, la parte più bassa del paese; Sancio, nome del torrente che lo attraversa per poi affluire nel Lambro; Piaturana, area urbanizzata più pianeggiante; e infine Candrio, che deriverebbe dall’ultima e più alta casa del Comune. Essendoci troppi elementi, si preferì una versione molto più semplice, inserendo nella parte alta dello scudo un narciso stilizzato per ricordare una varietà di fiore, il galium verum, diffusa in tutto il territorio montano, da cui sembrerebbe derivare il nome del paese.