Partito: il primo, di azzurro, al leone d’argento, allumato, linguato, armato di rosso, sormontato dalla corona all’antica di tre punte, dello stesso; il secondo, di argento, alla torre di rosso, mattonata di nero, finestrata e chiusa dello stesso, merlata di tre alla ghibellina.
La giunta comunale nell’aprile del 2006 decise di affidare l’incarico di elaborazione di un progetto allo Studio Araldico Pagnini di Firenze. A giugno dello stesso anno, fu approvato il nuovo stemma dopo delibera di consiglio comunale. Il leone, coronato e con gli artigli di rosso, è presente nello stemmario Trivulziano sotto la voce de Longono. Il leone compare anche nelle armi delle famiglie feudatarie del paese, tra cui i Galimberti, i Miglio, i Giudici e, infine, i Carpani, la più antica del paese. Nella seconda parte dello scudo, la torre di Longone, tuttora presente sul territorio, è il simbolo del paese. Innalzata nel Medioevo, la costruzione, di forma quadrata e massiccia, fatta di blocchi lavorati, sorge al centro dell’abitato di Longone al Segrino; fu usata come sbarramento sulla strada che porta al Piano d’Erba. Da fonti storiche risulta che la torre esisteva già nel 990 e a essa era annesso un possente castello, di cui ora non rimane più traccia. La particolare suddivisione dello scudo, soprattutto il colore degli smalti, ricorda il vicino lago del Segrino, da cui il piccolo Comune prende il nome. Lo stemma fu concesso con il decreto del presidente della Repubblica del 12 gennaio 2007.